數(shù)據(jù)非依賴性的掃描模式（Date-independent acquisition,DIA）是近幾年發(fā)展的一種新的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方式。在肽段進(jìn)入質(zhì)譜進(jìn)行第一次m/z掃描后，所有選定m/z范圍內(nèi)的母離子全部碎裂，然后在串聯(lián)質(zhì)譜中進(jìn)行子離子的第二次m/z掃描。根據(jù)第一次m/z掃描得到母離子的峰強(qiáng)度信息，只選擇幾個(gè)信號(hào)強(qiáng)度最高的母離子進(jìn)行碎裂，選擇性的采集會(huì)帶來檢測的隨機(jī)性和不完整性。DIA相較于DDA技術(shù)定量的特異性高，定量精度更高，更好的重現(xiàn)性；更適合于大樣本量定量蛋白質(zhì)組。
技術(shù)優(yōu)勢
(1)更符合樣本真實(shí)蛋白表達(dá)結(jié)果：更全面和權(quán)威的數(shù)據(jù)庫和軟件，同一樣本能鑒定到更多的蛋白質(zhì)種類；
(2)更專業(yè)的生信團(tuán)隊(duì)，具有多年的蛋白組學(xué)分析經(jīng)驗(yàn)，能提供各種個(gè)性化的高級(jí)分析。
技術(shù)流程
信息分析
生信分析總流程
標(biāo)準(zhǔn)信息分析
（1）數(shù)據(jù)質(zhì)控
主成分分析
譜圖信息
蛋白質(zhì)定量
（2）定性
蛋白GO/Pathway注釋分析
蛋白KOG/COG注釋分析
蛋白亞細(xì)胞定位
TF預(yù)測
（3）定量
相關(guān)性分析
強(qiáng)度箱線圖分析
（4）差異及富集分析
差異蛋白KOG/COG富集分析
差異蛋白GO/Pathway富集分析
分析結(jié)果示例
蛋白強(qiáng)度密度箱線圖
蛋白強(qiáng)度轉(zhuǎn)換熱圖
PCA圖
蛋白亞細(xì)胞定位統(tǒng)計(jì)圖
差異蛋白熱圖
差異蛋白火山圖
pathway分類條形圖
GO功能分類條形圖
差異蛋白參與代謝通路圖
案例分析
案例（1）HSCC化療多藥耐藥分子標(biāo)記:高通量液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜蛋白質(zhì)組學(xué)篩選
本研究采用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜LC-MS對(duì)50例下咽鱗狀細(xì)胞癌（HSCC）臨床樣本進(jìn)行DIA蛋白組學(xué)篩選，并在HSCC樣本中共鑒定出673個(gè)差異表達(dá)蛋白，其中172個(gè)上調(diào)，501個(gè)下調(diào)。臨床 HSCC 樣本的 FADD 表達(dá)顯著升高，RIPK1 表達(dá)顯著降低。化療敏感組FADD和RIPK1蛋白的表達(dá)明顯降低。揭示出FADD 和 RIPK1 可作為 HSCC 患者化療 MDR 的分子標(biāo)志物，可能通過壞死性凋亡和 PRR 信號(hào)通路發(fā)揮作用。
圖1 差異蛋白熱圖
圖2 差異蛋白富集分析柱狀圖
圖3 差異蛋白PPI圖
案例（2）ACOX2作為肝細(xì)胞癌的預(yù)后標(biāo)志物，可通過PPARα通路阻礙肝細(xì)胞癌的進(jìn)展
本研究通過對(duì)24對(duì)人類肝癌和癌旁組織進(jìn)行DIA蛋白組學(xué)篩選，探索ACOX2在肝癌中的作用機(jī)制。結(jié)果顯示，1029種蛋白質(zhì)具有顯著差異，且將這些顯著差異蛋白質(zhì)與癌癥基因圖譜中差異表達(dá)基因進(jìn)行比較、在蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)ACOX2作為關(guān)鍵候選基因，其過表達(dá)并通過PPARα通路減少了肝癌在體外和體內(nèi)的增殖和轉(zhuǎn)移阻礙肝癌的發(fā)展。
圖4 A:肝細(xì)胞癌和配對(duì)的相鄰正常樣本中蛋白質(zhì)表達(dá)的OPLS-DA 分析;B：顯著表達(dá)差異蛋白火山圖；C：差異表達(dá)蛋白聚類熱圖
[1] Shen B, Dong X, Yuan B, et al. Molecular Markers of MDR of Chemotherapy for HSCC: Proteomic Screening With High-Throughput Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry[J]. Frontiers in Oncology, 2021, 11:687320.
[2] Zhang Q, Zhang Y, Sun S, et al. ACOX2 is a prognostic marker and impedes the progression of hepatocellular carcinoma via PPARα pathway[J]. Cell Death & Diseas
